Ich habe inzwischen herausgefunden was das Problem war bzw. wie man das beheben kann.
Bei mir lag es daran das ich in K9 zu viele Ordner als “Pushordner” eingestellt hatte. Seit ich nur noch den Posteingang überwache taucht die Fehlermeldung nicht mehr auf.
Das Problem lag also nicht bei Delta Chat sondern an mailbox.org bzw. meiner Einstellung in k9